生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場オンラインブックダウンロード
生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場
坊農秀雅 / 本
生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場オンラインブックダウンロード - 坊農秀雅による生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場はメディカルサイエンスインターナショナル (2019/9/27)によって公開されました。 これには216ページページが含まれており、本というジャンルに分類されています。 この本は読者からの反応が良く、1人の読者から3.8の評価を受けています。 今すぐ登録して、無料でダウンロードできる何千もの本にアクセスしてください。 登録は無料でした。 サブスクリプションはいつでもキャンセルできます。
生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場 の詳細
この本を見つけたり読んだりすることにした場合は、生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場の詳細を以下に示しますので、参考にしてください。
タイトル : 生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場
作者 : 坊農秀雅
ISBN-104815701725
発売日2019/9/27
カテゴリー本
ファイル名 : 生命科学者のためのdr-bonoデータ解析実践道場.pdf
ファイルサイズ28.9 (現在のサーバー速度は28.35 Mbpsです
生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場オンラインブックダウンロード - 内容紹介 2001 年にmacOS にUNIX が採用される前から,生命科学分野ではmacOSが好んで使われてきた。グラフィカルなインターフェースが生命科学研究者にとって親しみやすかったのだろう。そればかりでなくOS Xとなってからは,UNIXが使える生命科学研究ツールとしてmacOSの利用価値が高くなった。UNIXとしてのMacの素晴らしさを紹介した『バイオ研究が10倍はかどるMacOS X活用マニュアル』(中村保一,礒合敦,荻島創一著,羊土社,2003)が2003年に発刊された。当時のmacOSのバージョンは10.2で,それをベースとして執筆されていたが,macOSはその後なんどもアップデートし,16年経った2019年4月現在,バージョン10.14.4となっている。 2017年に上梓した拙著『Dr. Bonoの生命科学データ解析』(以下,Bono本)は幸いにも好評をもって多くの生命科学研究者に迎えられた。発売後間もない2017年12月に静岡,2018年4月に大阪にて読書会が開催され,この本に書いてあることに対する自分の解釈を発表し,参加者たちとの議論がなされた。著者であるDr. Bonoも参加したのだが(大阪での会はtwitter参加であったが),その際に指摘されたことが「本に掲載されているコマンドをそのとおり打ちこんでも動かない」ということであった。確かにBono本には実践的な内容は盛りこまれてないので,書いてあるコマンドはまったく同じようには実行できないものも多くあるし,そもそもテストデータなども提供されていない。教科書として,コマンドとはどういうものかを知ってもらう例としてあげていただけで,読者が実際にそれをコンピュータ上で打ちこんでたどっていくことまでは想定していなかった。 他方,Bono本よりも先に出版され,次世代シークエンサー(NGS)のデータ解析におけるバイブル的な存在となっている書籍として『次世代シークエンサーDRY 解析教本』(清水厚志,坊農秀雅監修,学研メディカル秀潤社,2015)がある(以下,DRY本)。このDRY本は,NGSを利用したプロトコル本で,極めて実践的な内容であり,実際にコマンドを打ちこんで(同じ文字を打ちこむことから写経して,といういい方をする)独習するタイプの本である。これまで日本語での学習リソースがほぼなかったNGSデータ解析分野においては非常に有用なのだが,生命科学のデータ解析は広く多様なため,すべての生命科学データ解析をカバーすることはできてない。すなわち,NGSが登場する前からあった基本的なバイオインフォマティクスのスキル,例えば,配列類似性検索や系統樹作成,タンパク質ドメイン解析が抜けているのだ。 そんな中,メディカル・サイエンス・インターナショナルの星山大介さんから生命科学者向けのプログラミングの本を出したいという話があった。生命科学データを題材としてPythonなどのプログラミング言語を紹介する書籍はあるものの,それらのプログラミングだけできても生命科学データ解析の達人にはなれない。それならば,生命科学データ解析のためのコンピュータリテラシーをきっちりと身につけられるコンテンツにしたほうがよいだろうと考えた。そこで,Dr. Bonoが普段から共同研究として行っている生命科学データ解析の現場から実践的な内容を紹介する形で,Bono本の実践編として出してはどうかと提案した。それが本書である。 Bono本でカバーしきれなかったUNIXコマンドラインの使い方から,データ解析の実践的な手順を詳しく,ハンズオンで追っていけるようなレベルで解説した。また,それらを併せて解釈するために必要なちょっとしたテクニックを,本筋からは脱線気味になることは承知の上でふんだんに紹介した。写経できるコンテンツももちろん多くあるのだが,本に書いてあるとおりにそのまま打ちこんでいけば解析ができるのではなく,読者であるあなたが意味をきちんと理解してコマンドを入力していく,そんなスタイルをめざした。基本的にmacOSでの実行を前提として書かれているが,UNIXであれば問題なく,クラウド上のLinuxでの利用も想定している。 本書を執筆するに当たり,東京農工大学大学院グローバルイノベーション研究院の天竺桂弘子准教授との数々の共同研究がその屋台骨となっている。また,本書にある多くのコマンドを試していただき,わかりにくい点を指摘してくれた,天竺桂研究室の大学院生,坂本卓磨さんに感謝する。 本書を参考に,読者のみなさんがより自在に生命科学データ解析されんことを祈る。 2019年春 雪解けの富士山麓,三島にて 坊農秀雅 出版社からのコメント 今すぐやってみよう! コマンドライン操作・データ解析のコツとスキルが身につく データ解析を行う上で必須の操作であるコマンドラインの使い方の基礎を説明したうえで、生命科学領域の代表的な6つの解析手法を取り上げ、その具体的な手順を、実際にコンピュータを操作しながら追っていけるように詳しく解説。 読者がコマンドの意味を理解しながらコマンドラインを使いこなせるようになることを目指す実践書。姉妹書『Dr.Bonoの生命科学データ解析』を教科書として参照すればなお理解が進む 著者について 坊農秀雅 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)特任准教授
カテゴリー: 本
以下は、生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場に関する最も有用なレビューの一部です。 この本を購入する/読むことを決定する前にこれを検討することができます。
本書は、統合TV(http://togotv.dbcls.jp/)の生みの親のお一人でもある、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)の坊農秀雅さんが書かれた教科書であり、ちょうど2年前に出版された「Dr.Bonoの生命科学データ解析(https://www.amazon.co.jp/Dr-Bonoの生命科学データ解析-坊農秀雅/dp/4895929019)」(通称Bono本)の続編に当たる。Bono本で学んだ基礎知識を踏まえ、実際に手を動かしてデータ解析してみよう！という実践本だ。第1章の準備編では、Macの買い方からセットアップの仕方まで、2019年7月現在での最新の情報に基づき、解析環境の構築に必要な情報が学べる。第2章の基礎編では、まずコマンドラインの使い方が学べる。それから、シェルプログラミングの環境構築、ネットワークを使っての遠隔操作へと進んでいく。私のような”にわか”UNIXユーザーにとっては、知識を再確認出来る構成になっているし、全く扱ったことのない人にとっては、一つ一つ”昇級”していけるようにわかりやすく説明がなされているので、実際に手を動かしながら読み進めていけば、いよいよ実践に移れるはずである。コマンドの索引が巻末に掲載されているのも、本書のポイントである。第3章の実践編は、公共データベースからのデータ取得、BLAST検索、系統樹作成、ドメイン解析、RNA-seq発現定量解析、データ統合解析の6つのパートに分かれており、行いたい解析の項目ごとで独立して書かれている。生命科学の分野では、ゲノム、RNA、タンパク質などそれぞれ異なる視点からの解析を統合していくことが重要である(と私は確信している)が、本書は様々な視点からのデータ解析が学べるため、各解析のエキスパートが読んだとしても、異なる解析を学ぶことで、また新たな発見が得られることだろう。実践編の名に相応しく、コマンドラインに拒否反応を起こす方が読み進めていくには厳しい修行となるかもしれない。しかし、ここで扱われているファイルは本書用のGitHubディレクトリにアップされており、まずは第2章の基礎編を参考にしながらファイルをダウンロードし、とにかくコマンドを実行していけば、よくわからんがとにかく解析できた、という達成感が味わえることは間違いない。自分の解析対象を、例として挙げられた対象のところと置き換えるだけで、少なくとも本書に挙げられている解析は、隣で坊農さんが教えてくださるかのように達成できるのだ。ここまでくれば”段位”はもらったようなものだ。またBono本と同様に、本書の欄外には「？何て呼んだらいいの」(例えば、KEGG ケッグと呼ぶ)欄や「Dr.Bonoから」欄(例えば、本書のTwitterハッシュタグは#drbonodojoである。)などの補足欄があり、さらには矢印で、Bono本での該当箇所や統合TVでの該当箇所が紹介されており、まさに坊農さんのハンズオン講義を受けているかのごとく読み進めることができる。コラムも充実しているほか、私のオススメはなんといっても目次すぐ後に書かれている、「Dr.Bonoのデータ解析8箇条」である。常に肝に銘じてデータ解析を行っていくのがいいだろう。そのうちの一つを紹介すると、”つぶやけ、さらば救われん！”が第4条に出てくるが、その通り#drbonodojoのハッシュタグでTwitterで呟けば、先人の知恵を授かることもできるだろう。本書の表紙は、論文の表紙や教科書の挿絵など、生物系の素晴らしい科学イラストで著名なウチダヒロコさん(http://uchidahiroko.com/)が手がけられている。ジャケ書いもあり得るほどの素晴らしい表紙だと、私は本書を手に取った時に思った次第である。この教科書はまさに”実践道場”であり、道場に来るだけでは不十分で、自分で手を動かして自分でデータ解析をできるようになるための指南本である。ぜひ読んで手を動かして、データ解析の”段位”を取得したいものである。
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